Artykuł 90 Prawa budowlanego przewiduje za samowolę budowlaną przewiduje sankcję karną do 2 lat pozbawienia wolności. Za samowolę budowlaną uważane jest budowanie albo wybudowanie obiektu budowlanego lub jego części bez wymaganego pozwolenia na budowę lub bez zgłoszenia, lub mimo sprzeciwu właściwego organu. Odpowiedzialność karna ma charakter odrębny i niezależny od wyniku postępowania administracyjnego. Oznacza to przede wszystkim, że sprawcą przestępstwa jest nie tylko inwestor, który zrealizował samowolę budowlaną, a następnie organ nadzoru budowlanego nakazał mu rozbiórkę obiektu, ale również podmiot, któremu z sukcesem udało się przejść procedurę legalizacyjną. Takie niekorzystne dla inwestorów stanowisko znalazło się w wyroku Sądu Najwyższego z dnia 14 marca 2013 r., sygn. akt IV KK 390/12.
Odpowiedzialność karna grozi poza tym nie tylko za samowolne wybudowanie obiektu ale także w związku z wykonywaniem innych robót bez pozwolenia. Do popełnienia przestępstwa może dojść nawet w przypadku posiadania koniecznych pozwoleń czy dopełnienia innych formalności związanych z wykonywaniem robót budowlanych, jeśli roboty te wykonywane są w sposób mogący spowodować zagrożenie bezpieczeństwa ludzi lub mienia bądź zagrożenie środowiska. Sprawcą przestępstwa określonego w art. 90 Prawa budowlanego nie musi być inwestor. Będzie nim każda osoba, która uczestniczyła w przestępstwie, a więc np. kierownik budowy czy osoby które uczestniczyły w jego popełnieniu lub podżegały do jego popełnienia. W zależności od przypadku, uczestnictwo w przestępstwie można zarzucić nawet inspektorowi nadzoru inwestorskiego lub projektantowi. Co więcej, pociągnięcie sprawcy do odpowiedzialności karnej powinno następować prawie automatycznie – organ nadzoru budowlanego wszczynający postępowanie w sprawie samowoli budowlanej jest zobowiązany do zawiadomienia prokuratora o prowadzeniu takiego postępowania oraz o osobie, wobec której jest ono prowadzone. Wydanie decyzji ostatecznej w postępowaniu administracyjnym powinno skutkować niezwłocznym sporządzeniem i wniesieniem do sądu aktu oskarżenia przeciwko sprawcy. Ze względu na dosyć zawiłą i wieloinstancyjną procedurę administracyjną, warto bronić się przed zarzutem z art. 90 prawa budowlanego podnosząc 5 letni okres ustania karalności od czasu ich popełnienia. Kolejnym argumentem mogącym spowodować uniknięcie (zgodne z prawem) odpowiedzialności karnej jest wykazania niskiej szkodliwości społecznej czynu. Brak społecznej szkodliwości czynu jest najczęstszą przyczyną umarzania postępowań prokuratorskich, a nawet zaniechania przekazania sprawy prokuraturze przez same organy nadzoru budowlanego. Argument ten warto forsować nawet jeśli sprawa trafi już na wokandę, to stwierdzenie przez sąd, że popełniono czyn o znikomej społecznej szkodliwości (np. rozpoczęcie robót na dzień przed uprawomocnieniem się pozwolenia na budowę), doprowadzi do wniosku, że przestępstwa nie popełniono i postępowanie zostanie umorzone.